電子帳簿保存法への対応、経理のどこが変わる？中小企業がやるべきことを実務で整理

「電子帳簿保存法の対応、うちはちゃんとできているんだろうか」。取引先からの請求書がメール添付のPDFになり、経費の領収書もサイトからダウンロードする形が当たり前になった今、この不安を口にする中小企業の経営者は少なくありません。

先に整理しておくと、電子帳簿保存法は「難しくて全部やらないといけない法律」ではありません。義務なのは一部で、残りは任意です。この記事では、法律の中身を3つの区分に分け、経理の実務としてどこが本当に変わり、中小企業が最低限やるべきことは何かを、現場目線で整理します。なお、個別の適用可否や税務上の判断は税理士・所轄の税務署に確認いただく前提で、ここでは経理の運用面に絞って解説します。

電子帳簿保存法とは──まず「3つの区分」に分ける

電子帳簿保存法（電帳法）は、これまで紙で保存していた帳簿や書類を、一定の要件のもとで電子データとして保存することを認める法律です。ここで最初につまずくのは、「電子保存」と一口に言っても、実は性格の違う3つの区分が同居している点です。

①と②は「紙でやってもいいが、電子でやるならこの要件で」という任意の制度です。一方、③の電子取引データ保存だけはすべての事業者に義務があります。まず押さえるべきは、この③です。

義務なのは「電子取引データ保存」だけ

電子取引とは、請求書や領収書などを電子データでやり取りすることです。具体的には、こんな場面が該当します。

• 取引先から請求書がメールにPDFで添付されてきた
• ネット通販の領収書をサイトからダウンロードした
• クレジットカードや交通系ICの明細をWeb上で受け取った
• クラウドサービスの利用料の請求を画面や電子で受領した

こうして電子で受け取ったデータは、電子のまま保存するのが原則です。かつては「印刷して紙で保管すればOK」という運用が広く行われていましたが、2024年1月からは電子取引データはデータで残すことが求められるようになりました。ここが、多くの中小企業にとって実務が変わった一番のポイントです。

「紙に印刷して保管」だけでは足りなくなった

これまで経理の現場では、メールで届いた請求書を印刷し、紙のファイルに綴じて保管する、というやり方が定着していました。電帳法の対応で変わったのは、この「印刷して紙で保管」だけでは要件を満たさなくなったという点です。紙に出すこと自体を止める必要はありませんが、あわせて元の電子データも、決められた形で保存しておく必要があります。

電子取引データ保存の2つの要件

では、電子取引データを「決められた形」で保存するとは、具体的に何を指すのか。大きく2つの要件があります。

1. 真実性の確保──後から改ざんできないようにする

受け取ったデータが、あとから書き換えられていないことを担保する要件です。実務上は、次のいずれかで対応します。

• タイムスタンプを付与する
• 訂正・削除の履歴が残る（または訂正・削除ができない）システムで保存する
• 「訂正削除の防止に関する事務処理規程」を定めて運用する

中小企業が最も手軽に始められるのは、3つ目の事務処理規程を作って運用する方法です。国税庁がサンプルを公開しており、それを自社に合わせて整えれば、専用システムがなくても要件を満たせます。

2. 可視性の確保──後から探して表示できるようにする

保存したデータを、税務調査などの際にすぐに探して画面や書面で示せる状態にしておく要件です。ポイントは検索できることで、「取引年月日」「取引金額」「取引先」の3項目で探せるようにしておくのが基本形とされています。

実務では、ファイル名を「20260710_100000_〇〇商事.pdf」のように日付_金額_取引先で統一して専用フォルダに保存する、あるいは表計算ソフトで索引の一覧を作る、といった方法が現実的な出発点になります。要件の考え方を掴めば、必ずしも高価なシステムは要りません。

中小企業には「猶予措置」もある

「うちの規模で、そこまで整えるのは大変だ」という声に対しては、負担を軽くする措置も用意されています。あくまで概要ですが、代表的なものを挙げます。

• 検索要件の緩和：基準期間の売上高が一定額以下などの事業者は、税務調査の際にデータのダウンロードに応じられれば、検索機能そのものを備えなくてよいとされる場合があります。
• 相当の理由がある場合の猶予：システム対応が間に合わないなど相当の理由があると所轄税務署長が認め、かつデータの提示・出力に応じられる場合は、保存要件どおりでない保存も認められる余地があります。

ただし、これらの適用可否は自社の売上規模や状況によって変わり、最終的な判断は税務の領域です。自社が緩和や猶予の対象になるかどうかは、顧問税理士や所轄税務署に確認するのが確実です。ここでは「中小企業向けの負担軽減がある」という事実だけ押さえておいてください。

経理として、最低限やるべきこと

細部は専門家に確認するとして、経理の運用面で今すぐ着手できることを、優先順にまとめます。

1. 電子で届く書類を洗い出す

まず、どの取引先の・どの書類が電子で届いているかを棚卸しします。メール添付、ダウンロード、クラウド明細——入口ごとに書き出すと、対応すべき対象が見えます。

2. 保存する場所とルールを1つ決める

電子データの保存先フォルダを一本化し、ファイル名の付け方（日付_金額_取引先）を決めます。人によって置き場所やルールがバラバラだと、後で探せず要件を満たせません。ルールを決めて運用に乗せるところが、実務の肝です。

3. 事務処理規程を整えておく

専用システムを入れない場合は、訂正削除防止の事務処理規程を用意します。サンプルをベースに自社名や運用体制を反映すれば、真実性の要件に対応できます。

4. 続けられる運用にする

電帳法対応でつまずくのは、実は法律の理解より「毎月続けられるか」です。月末にまとめてやろうとすると保存漏れが起きます。届いたデータをその都度、決めた場所に決めた名前で保存する——この地道な運用を回せる体制があるかどうかが、対応の成否を分けます。

シメゴの考え方：保存の運用を、経理ごと外に持つ

電帳法対応の負担は、実は「制度を理解すること」よりも、電子データを決められた形で、毎月きちんと保存し続けることにあります。ここは記帳や月次の作業と地続きです。だからこそ、経理を外部に持つと、この保存運用もあわせて回せます。

シメゴは、記帳・経理・月次決算の代行のなかで、電子で届いた請求書・領収書の受け取りから、ルールに沿った保存・整理までを一連の作業として運用します。証憑の読み取りはAIが下ごしらえし、人が確認して確定する設計なので、電子データの保存もその流れに乗せられます。月次を5営業日で締める運用も、この日々の整理を前提にしています（内容により前後する目安です）。なお、電帳法の解釈や税務上の適用判断そのものは税理士の領域であり、シメゴが担うのは記帳・経理・保存の実務の部分です。

まとめ

電子帳簿保存法は、3つの区分のうち電子取引データ保存だけが義務で、そこがメール添付やダウンロードの書類に効いてきます。求められるのは、改ざんを防ぐ仕組み（事務処理規程でも可）と、日付・金額・取引先で探せる保存です。中小企業向けの緩和・猶予もありますが、適用の可否は税務の判断になります。

「制度は分かったが、毎月これを続ける手が足りない」——そう感じたら、まずは無料コスト診断で、いまの経理の手間と、電子データの保存まで含めてどこを外に出せそうかを一緒に見える化するところから始めてみてください。